在明朝历史上，除了初期的洪武、建文时期定都南京以外，其他的明朝皇帝都在北京生活。但在永乐皇帝朱棣之后，明朝皇帝险些将明朝的首都重新迁回南京，这究竟是怎么回事呢？
一、为了达到国防和自己的双层需要，朱棣决定迁都北京
公元1402年，燕王朱棣发动靖难之役，成功夺取了侄子朱允炆的皇位。做上了皇位的朱棣，发现南方各地这是表面上的屈服，私下都认为他是篡位者，一下洪武旧臣一直怀念失踪的建文皇帝朱允炆，期望朱允炆能够再次出现重登皇位。朱棣重新设立锦衣卫，很大一部分原因就是为了对付这些人。
除了朱棣的私心以外，最大的原因还是因为国防的需要。在朱元璋时期，先后派出了多位名将进行了多次北伐，成功的将北方的元朝残部打得更加四分五裂。进入朱棣时期，北方的瓦剌和鞑靼先后崛起，不断南下袭扰边境的州县。朱棣虽然统帅军队进行了五次大规模的北伐，但是一直无法将这些游牧民族全部围歼。而明朝的都城在南京，虽然十分的安全，但是不利于对国尤其是西北和西南的管理。最重要的是面对北方的不断袭扰，如果从南京出兵，等到了边境估计“黄花菜都凉了”。鉴于多方面的考虑以后，朱棣在公元1407年宣布将北平改为北京，并以元大都的基础上大面积扩建。经过十几年的大规模建设，在公元1420年，朱棣将首都正式迁往北京，将金陵改为南京。
二、天降滚雷，朱高炽计划将首都迁回南京
朱棣迁都北京不到一年，在北京发生了一件惊天动地的大事。公元1421年夏天，北京城下了一天的大雨，这本来没有什么，但接下来的一幕让包括朱棣在内的所有人都惊恐不已。那一夜紫禁城中奉天、华盖、谨身三大殿先后遭到雷击明朝迁都，三大殿几乎全部焚毁明朝迁都，差不多要重新修建。礼部主事萧仪上述朱棣，认为：迁都北京之后便遭受雷击，这是上天在示警，请求将首都从新迁回南京。费了这么大劲才将首都迁到北京，朱棣怎么可能再将帝都迁移回去。面对迂腐的萧仪，朱棣勃然大怒，下令立刻将萧仪处死。不过朱棣经过慎重思考，为了节省并不富裕的国库资金，朱棣并没有下令重新修建三大殿。在朱棣在位的最后几年里，一直在一些偏殿生活和处理政务。
两年后朱棣驾崩，在南京多年的太子朱高炽即位。进入北京的朱高炽看到了三大殿的惨状，询问修复需要多少资金，户部的回答让他犹豫了；此外朱高炽本身健康情况不佳，也更喜欢舒适的江南。因此朱高炽在登基一个月以后，就下令重新维修南京皇宫；同时将北京改为行在，这就等同于废除了北京的的首都地位。不过命运给朱高炽开了一个很大的玩笑，本他完全可以在北京等着南京的修葺完毕，然后命令将首都重新迁回南京，但朱高炽仅仅在位10个月之后，便随父而去了。
三、朱瞻基经过慎重考虑决定继续定都北京
朱高炽在病榻弥留之际，还命令内侍记录口谕，希望他的儿子朱瞻基在继承皇位以后能够继承他的遗愿，将帝都从新迁回南京。从南京赶来的朱瞻基看到了父亲的遗愿，但他通过各方面的考虑，未能实现父亲的愿望。
朱瞻基是一位有深谋远虑的皇帝，在做皇孙时就深受永乐皇帝朱棣的喜爱。朱瞻基通过各方面的考虑，认为定都北京的策略无错。北方的草原民族始终是大明王朝的最大威胁；而如果还都南京的话，容易造成边防部队和京师警卫部队的重复建设。此外还都南京的话，北京由谁镇守是一个很大的问题，毕竟他要防备明王朝再次出现一次“靖难之役”。
鉴于以上多方面的考虑，朱瞻基停止了南京皇宫的修葺，同时命令在全国征集材料重修三大殿。十年以后，明英宗朱祁镇即位。明英宗即位以后，正式下诏立北京为首都，并将北京再次改成为京师。而南京虽然还是名义上的南都，但是南京的六部多为虚职，到了明朝中期以后，南京逐渐分为北京官员养老的地方。
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